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甲基化检测分析服务

DNA甲基化研究是表观遗传学的重要内容,真核生物中的甲基化仅发生于胞嘧啶,即在DNA甲基化转移酶的作用下使CpG二核苷酸5’-端的胞嘧啶转变为5’-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表达,去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。这种DNA修饰的方式在不改变基因序列前提下实现对基因表达的调控,在脊椎动物的胚胎发育过程中起着重要的调控作用,参与多种疾病包括各种肿瘤的发病机理,是目前表观遗传学研究的热点。

主要技术原理

用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而发生甲基化的胞嘧啶不变。根据某一待测位点或者调查的某一区域序列设计引物进行PCR扩增,通过PCR电泳、测序、荧光定量及质谱等方法对扩增产物进行检测,根据检测结果分析基因组甲基化的情况。

 

服务特点

精确度高,能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态

 

主要服务方案

1. 亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite Sequencing PCR,BSP)

实验原理:

用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变。针对要调查的区域设计BSP引物进行PCR扩增,对扩增产物进行测序就可以判断哪些CpG位点发生了甲基化。根据测序方式不同,又分为以下几种:

a. BSP直接测序法:对于BSP引物扩增产物直接进行测序;

b. BSP克隆测序法:将PCR产物克隆,之后提取质粒进行测序,此方法成功率高、检测方便,适合常规数量样本的特定靶标区域甲基化分析,是国际通用的甲基化分析金标准;

c. BSP高通量测序法:可以进行目标片段甲基化水平分析,也可进行全基因组甲基化水平分析。

技术特点:准确度高、能给甲基化位点精确定位、可重复性高

实验流程:

(1)BSP引物设计:针对感兴趣的基因区域进行BSP引物的设计(一般扩增产物不超过300bp)

(2)亚硫酸氢盐处理基因组DNA:提取基因组DNA并进行亚硫酸氢盐的转化

(3)PCR扩增目的片段:BSP引物扩增感兴趣的区域

(4)克隆到载体:将PCR产物纯化后连接到T载体上

(5)克隆测序:挑取阳性菌斑,提取质粒并测序

(6)序列分析:对测序的结果进行比对和甲基化分析(一般10个克隆子)

 

2. 荧光定量法(Methylight)

此方法利用TaqMan 探针和PCR引物来区分甲基化和未甲基化的DNA。首先用亚硫酸氢盐处理DNA片段,针对甲基化和未甲基化序列各设计一个探针,用不同的荧光标记,随后开展实时定量PCR。如果探针与DNA杂交则释放出荧光信号,根据荧光信号的强度比值计算甲基化水平。

 

技术特点

检测通量高。早期由于没有其它高通量的检测方式,用荧光定量法针对较多的样品进行检测时,是一个比较好的检测方案。但是该方法问题比较多,待检测的区域只有一个甲基化位点时,探针的区分度不高。同时,为了达到比较好的区分效果,一般采用MGB探针,探针成本较高。如果只是检测少量样品,探针分摊成本很高。现在针对较多的样品待检测时,通常都会采用高通量测序法,快速、准确,成本可控。 


客户提供

 1 要调查的基因名称、种属

 2 要调查的甲基化区域或位点

 3 足量的科研样本,保证样本质量,提供清晰样品编号


送样要求

 1 样品要求:细胞≥105个;组织≥100mg,黄豆大小;全血≥0.5ml;基因组DNA ≥5ug                      

 2 所有样品建议干冰或冰袋运输,保证样品质量


检测周期

常规检测任务2-4周内完成,具体时间根据样本量和检测的基因数而定。


下单流程

直接订购:将需求内容给直接发送到support@generay.com.cn,或致电021-67840418

网上订购:捷瑞网站首页→订单下载→下载甲基化服务订单→填写完整实验信息→发送至support@generay.com.cn


报告内容

提供完整实验报告、电泳图、测序结果、序列比对结果、甲基化点状图、柱状图以及初步分析数据等。

 

 

注:可登陆捷瑞公司首页下载甲基化检测报告示例,流程如下:

登陆捷瑞公司首页------技术支持----技术资料---下载甲基化检测报告示例。



 

  

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