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全基因合成常见问题(一)

浏览:302 发表时间:2020-02-24 00:00:00

全基因合成常见问题(一)

Q1. 化学合成基因的方法有哪些?

    (1) 全基因合成:一般对于分子较小而又不易得到的基因采用该方式。可将双链基因分成若干寡核苷酸单链片段(尤其待合成基因在100个核苷酸以上时),每个片段长度控制在40~60个碱基,并使每对相邻互补的片段之间有大于6bp交叉重叠。在体外将所有对应的片段混合经PCR反应即可拼接得到较长的基因片段。采用分步连接、亚克隆的方法时,最后将亚克隆的较大片段重组为完整的基因。为便于亚克隆中回收基因片段,应在片段两侧设计合适的酶切位点;由于每个亚克隆可以分别鉴定,从而可减少顺序错误的可能性。

    (2) 酶促合成:此法又称基因的半合成法。全基因合成,特别是较大的基因的全部化学合成成本昂贵,使用半合成的方法可以降低成本,从而利于普及使用。首先合成末端之间有10~14个互补碱基的寡核苷酸片段,退火后以重叠区作为引物,在4种dNTP存在的条件下,通过DNA聚合酶或反转录酶的作用,获得两条完整的互补双链。合成基因的结构应包括有克隆和表达所需要的全部信号及DNA顺序,基因密码子的阅读框架也应该同表达体系相适应。此外,由于不同物种的密码子使用偏好性,在基因合成和克隆时必须考虑这个问题。可通过密码子优化获得高效表达。

Q2. 为什么要进行全基因合成?

    最常见的获得目的基因的方法是PCR 扩增钓取基因。但很多的时候,扩增只会得到痕量或根本就得不到目的基因。如果用这种方法,首先,必须准备某一特定组织的cDNA文库,就必须花时间去准备或订购。其次,目的基因在文库中的含量必须充足,否则就可能会找不到合适的方法钓取或克隆得到。第三,PCR扩增得到的目的基因可能会含有许多点突变或单核苷酸多态性,这会给您后期的实验应用带来极大麻烦。

    拥有国内从事基因合成最早的、经验最丰富的专家团队,捷瑞公司可以在第一时间提供给您100%正确的目的基因,比PCR钓取法更快更准确,甚至更节约经费。

Q3. 全基因合成一般服务流程是怎样的?

    (1) 客户提供您所需要合成的基因序列信息,可从捷瑞公司网站(www.generay.com.cn)下载全基因合成订单,务必详细填写;

    (2) 本公司首先将对客户提供的基因全序列进行软件分析,检查基因内部是否含有重复序列及特殊结构,根据序列具体情况设计基因合成方案,并及时回信确认合成信息;

    (3) 在得到客户认可后签订基因合成协议,要求客户支付合成总费用的50%作为预付款;

    (4) 本公司收到预付款后立即安排生产,进行引物合成、DNA片段拼接等工作,将全长基因克隆于载体中,通过DNA测序确认合成基因的正确性;对错误位点用定点突变方法进行修复,最后得到与客户提供序列完全一致的基因;

    (5) 基因合成结束,通知客户支付剩余的50%合成款项;

    (6) 待客户付余款之后及时给客户发货。

Q4. 在捷瑞公司合成的基因有长度限制吗?

    捷瑞公司可以合成任何长度的基因。

Q5. 密码子优化有必要吗?

    有必要。不同来源的种属密码子的偏好性不同。比如,在人体内受偏爱的密码子对于E. coli来说可能是稀有的。捷瑞公司已经为国内外客户优化了大量的基因,有自主研发的专业软件。可免费为客户提供密码子优化服务。

Q6. 捷瑞公司的标准免费克隆载体是什么?

    (1) pUC系列(pUC18/pUC19/pUC57),pBluescript II SK(+),PCR2.1等载体:含有若干常用限制性内切酶识别序列;

    (2) pGH,pGE 载体:结构简单,仅含最常用的酶切位点,系捷瑞公司自主研发(见目录载体和菌株部分介绍);

    (3) pTG19-T 载体:适用于T/A克隆;另外,本公司还有近300种商业表达载体(如pET系列,pPIC系列)可供基因合成后克隆选择;若有特殊要求,需换到一些特殊载体或改造过的载体,为方便后续实验的及时进行,请提供载体及相关的载体信息。

Q7. 捷瑞公司的合成时间如何?

    1500bp以内的常规基因,承诺15个工作日内发货。

Q8. 为什么基因合成的费用比引物合成高的多?

    基因合成包括一个完整的流程:序列分析、优化、引物设计与合成、引物拼接与PCR扩增,PCR产物的T/A克隆,测序筛选,点突变修复、发货准备等一整套服务,而引物合成只是基因合成工作中的一小部分。如同买一辆汽车与买一堆铁块和橡胶是一个道理。

Q9. 基因合成必须要提供基因序列吗?

    是的。您必须提供AA序列或者DNA序列。我们只根据您提供的序列进行基因合成,可以提供免费密码子优化,但是不提供基因序列的查询服务。

Q10. 必须要签定合同与交纳50%预付款吗?

    是的,为保障双方权利与信誉,应该这么做。

Q11. 质量如何保证? 时间如何保证?

    所有在捷瑞公司合成的基因,都经过100%测序验证。捷瑞公司基因部拥有独立的分子生物学实验平台;本公司引物合成部、测序部,分子生物学试剂盒部,是基因合成部的根本保障。基因部主管拥有十年以上专业合成基因的工作经验,基因合成的工作团队均经过专业、严格的培训,能保证所承接项目顺利进行。


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