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DNA Marker 如何选择

关注:109 发表时间:2020-03-02 14:22:24

上海捷瑞生物工程有限公司自主开发的DNA marker 系列产品,种类齐全,质量稳定,条带设计合理、清晰、即用型包装、使用方便,包装内皆附有5x Loading Buffer供客户样品加样使用。更有预染Marker和预染Loading Buffer,让实验室可以方便的实现无EB电泳。

根据缓冲液和适用范围不同,捷瑞DNA marker 产品分为两大类:非预染DNA marker 、GelRed预染DNA marker

根据条带类型不同,Generay DNA Marker目前主要分为两大类型:

  1. 常规分离鉴定系列(NormalRunTM)           2. 精确分离鉴定系列 (AccurateRunTM)


环顾各生物公司的Marker产品,虽说各式各样,但主要还是分为DNA Marker,RNA Marker和蛋白Marker。当然啦,作为Marker,他们在选择上有一定的共性,可以参照下面的理论。



真理一:应选择在目标片段大小附近ladder较密的marker,这样对目标片段大小的估计较准确。


真理二:所选marker应能清楚反映目标片段的大小,且次要片段大小也能反映出来。如酶切鉴定时,目的片段和切后载体片段最好能在同一个marker中反映出来。


真理三:若二者不能兼顾,以第一条真理为准。


今天我们着重讲讲DNA marker选择方法,为了方便大家理解,大家可参照下面这张图


捷瑞精选几种EB替代染料,具有安全性高、灵敏度高、稳定性好的特点。具体使用方案,可向捷瑞技术人员咨询,或发Email 至service@generay.com.cn,我们将为您提供详尽的技术支持。

产品编号

产品名称

 包装

价格(元)

GRS001

GRred 核酸染料(10000*浓度)

相比SYBR Green I 等核酸染料,经大量实验和检验证明 GRred 有安全性和灵敏度更高,稳定性极佳等显著特点,是最成熟的EB替代物之一。

500ul

990

GRS003

(大规模PCR检测特别推荐)

GRgreen II核酸染料(10000*浓度)

GRgreen II 核酸染料属于花青类染料,安全无毒,电泳后凝胶可在紫外灯下直接观察,条带呈蓝绿色,灵敏度与EB相仿,但略低于GelRed GelgreenGRgreen II 最大优势在于预制胶实验中的电泳迁移率不受染料影响,电泳条带非常整齐。使用该染料的预制胶特别适用于大规模PCR产物的直接电泳检测。

1ml

220

琼脂糖DNA凝胶电泳注意事项

准备干净的配胶板和电泳槽 

注意DNA酶污染的仪器可能会降解DNA,造成条带信号弱、模糊甚至缺失的现象。


 选择电泳方法 

一般的核酸检测只需要琼脂糖凝胶电泳就可以;如果需要分辨率高的电泳,特别是只有几个bp的差别应该选择聚丙烯酰胺凝胶电泳;用普通电泳不合适的巨大DNA链应该使用脉冲凝胶电泳。注意巨大DNA链用普通电泳可能跑不出胶孔导致缺带。 


 正确选择凝胶浓度 

对于琼脂糖凝胶电泳,浓度通常在0.5~2%之间,低浓度的用来进行大片段核酸的电泳,高浓度的用来进行小片段分析。低浓度胶易碎,小心操作和使用质量好的琼脂糖是解决办法。注意高浓度的胶可能使大分子DNA带不易分辨开,造成条带缺失现象。 


 适合的电泳缓冲液 

常用的缓冲液有TAE和TBE,而TBE比TAE有着更好的缓冲能力。电泳时使用新制的缓冲液可以明显提高电泳效果。注意电泳缓冲液多次使用后,离子强度降低,pH值上升,缓冲性能下降,可能使DNA电泳产生条带模糊和不规则的DNA带迁移的现象。 


电泳的合适电压和温度 

电泳时电压不应该超过20V/cm,电泳温度应该低于30℃,对于巨大的DNA电泳,温度应该低于15℃。注意如果电泳时电压和温度过高,可能导致出现条带模糊和不规则的DNA带迁移的现象。特别是电压太大可能导致小片段跑出胶而出现缺带现象。


 DNA样品的纯度和状态 

注意样品中含盐量太高和含杂质蛋白均可以产生条带模糊和条带缺失的现象。乙醇沉淀可以去除多余的盐,用酚可以去除蛋白。注意变性的DNA样品可能导致条带模糊和缺失,也可能出现不规则的DNA条带迁移。上样前不要对DNA样品加热,用20mM NaCl缓冲液稀释可以防止DNA变性。


 DNA的上样 量

正确的DNA上样量是条带清晰的保证。注意太多的DNA上样量可能导致DNA带型模糊,而太小的DNA上样量则导致带信号弱甚至缺失。通常情况下,适当减少上样量,更易得到好的DNA电泳带型。上海捷瑞公司DNA分子量标准每次上样5ul即可得到清晰均匀的条带。 


 Marker的选择 

DNA电泳一定要使用DNA Marker或已知大小的正对照DNA来估计DNA片段大小。Marker应该选择在目标片段大小附近ladder较密的,这样对目标片段大小的估计才比较准确。上海捷瑞公司的DNA Marker条带清晰,亮度均匀,质量稳定,各DNA大小均有对应的DNA ladder,是您实验的首选。需要注意的是Marker的电泳同样也要符合DNA电泳的操作标准。


 凝胶的染色和观察 

实验室常用的核酸染色剂是溴化乙啶(EB),染色效果好,操作方便,但是稳定性较差,具有毒性。一些公司开发出一系列的核酸染料的替代品。如SYBR Green,GelRed等实用性比较强的新型核酸染料。上海捷瑞优化并构建出一系列的质粒,可做出多种长度的DNA片段,以这些片段为基本原料,我们组合构建出一系列的DNA ladder,用以满足客户的实验要求。另外我们根据GelRed染料的特性,开发了一系列与GelRed预混的DNA ladder,与DNA Marker自带的含GelRed的5xLoading dye或用户自己购买的GelRed配合使用,可以很好地替代EB,解决EB毒性问题。由于我们将各条带均针对GelRed电泳进行了优化,常规电泳可以得到比较理想的电泳图谱。注意观察凝胶时应根据染料不同使用合适的光源和激发波长,如果激发波长不对,条带则不易观察,出现条带模糊的现象。


 

  

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