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引物设计篇---如何使用NCBI设计引物

浏览:681 发表时间:2020-03-02 14:32:44

说在前面

RNAi,mRNA,siRNA,shRNA,miRNA,这么多的RNA,怎么区分?是不是看到都头大了呢,莫急莫慌,捷瑞生物来帮忙,今天我们给您做一个简要的整理,供大家的日常实验做参考。希望对大家能有一点点帮助哦

首先出场的是RNAi

 RNAi英文全名  RNA interference   

             中文名  RNA干扰

是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。基因沉默,主要有转录前水平的基因沉默(TGS)和转录后水平的基因沉默(PTGS)两类:TGS是指由于DNA修饰或染色体异染色质化等原因使基因不能正常转录;PTGS是启动了细胞质内靶mRNA序列特异性的降解机制。有时转基因会同时导致TGS和PTGS。

由于使用RNAi技术可以特异性剔除或关闭特定基因的表达,(长度超过三十的dsRNA会引起干扰素毒性)所以该技术已被广泛用于探索基因功能和传染性疾病及恶性肿瘤的治疗领域。

下面向大家招手的是mRNA

 mRNA英文全名  message RNA 

              中文名  信使RNA


信使RNA是由DNA的一条链作为模板转录而来的、携带遗传信息的能指导蛋白质合成的一类单链核糖核酸。

以细胞中基因为模板,依据碱基互补配对原则转录生成mRNA后,mRNA就含有与DNA分子中某些功能片段相对应的碱基序列,作为蛋白质生物合成的直接模板。mRNA虽然只占细胞总RNA的2%~5%,但种类最多,并且代谢十分活跃,是半衰期最短的一种RNA,合成后数分钟至数小时即被分解。

看!现在走来的竟是近几年新宠miRNA

 miRNA英文全名   microRNA

               中文名   微小RNA

MicroRNA (miRNA) 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个miRNA可以有多个靶基因,而几个miRNA也可以调节同一个基因。这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个基因的表达,也可以通过几个miRNA的组合来精细调控某个基因的表达。据推测,miRNA调节着人类三分之一的基因。最近的研究表明大约70 %的哺乳动物miRNA 是位于TUs区 ,且其中大部分是位于内含子区( Kim &Nam , 2006) 。一些内含子miRNA 的位置在不同的物种中是高度保守的。miRNA 不仅在基因位置上保守, 序列上也呈现出高度的同源性(Pasquinelli etal , 2000 ; Ruvkun et al , 2001 ; Lee & Ambros ,2001) 。miRNA 高度的保守性与其功能的重要性有着密切的关系。miRNA 与其靶基因的进化有着密切的联系, 研究其进化历史有助于进一步了解其作用机制和功能。

下一个是赫然是有名的shRNA

 shRNA英文全名   short hairpin RNA

               中文名   发夹RNA



shRNA是英文单词short hairpin RNA的缩写。翻译为“短发夹RNA”。shRNA包括两个短反向重复序列。克隆到shRNA表达载体中的shRNA包括两个短反向重复序列,中间由一茎环(loop)序列分隔的,组成发夹结构,由polⅢ启动子控制。随后再连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。

在活体中输送“小干扰RNA”(siRNA)的一种办法是,将siRNA序列作为“短发夹”克隆进质粒载体中。当送入动物体内时,该发夹序列被表达出来,形成一个“双链RNA”(dsRNA),并被RNAi通道处理。然而,对成年小鼠肝脏中shRNA的表达的长期效应所做的一项研究为我们敲响了警钟。该研究结果表明,很多shRNA在小鼠中表达时是有毒的。这种经常是致命的毒性似乎是由shRNA与内生微RNA之间为与Exportin-5结合所展开的竞争造成的。Exportin-5是一个参与将分子输送出细胞核的因子。人们对开发基于shRNA的疗法非常感兴趣,而此前几乎没有证据表明shRNA在活体中有很强毒性。

最后是siRNA

 siRNA英文全名   short/small interfering RNAs

           中文名   小干扰RNA

小干扰RNA(Small interfering RNA;siRNA)有时称为短干扰RNA(short interfering RNA)或沉默RNA(silencing RNA),是一个长20到25个核苷酸的双股RNA,在生物学上有许多不同的用途。目前已知siRNA主要参与RNA干扰(RNAi)现象,以带有专一性的方式调节基因的表达。此外,也参与一些与RNAi相关的反应途径,例如抗病毒机制或是染色质结构的改变。不过这些复杂机制的反应途径目前尚未明了。


siRNA和shRNA的关系


siRNA(下面)是人工合成的RNA,可直接导入细胞发挥RNA干扰作用;shRNA(左上) 需通过载体导入细胞后,然后利用细胞内的酶切机制得到siRNA 而最终发挥RNA干扰作用

miRNA和siRNA的关系


1.miRNA是内源的,是生物体的固有因素;而siRNA是人工体外合成的,通过转染进入人体内,是RNA干扰的中间产物。

2. 结构上,miRNA是单链RNA,经过加工成双链RNA,而siRNA是双链RNA

RNAi作用机理

miRNA,siRNA和shRNA最终目的都是通过作用于mRNA的特定区域,调节mRNA的表达。


上海捷瑞RNA合成业务简介

        RNA oligo作为一种重要研究工具,被广泛应用于基因功能分析、新型治疗策略开发等研究应用中。捷瑞生物提供高质量的RNA合成定制服务,可满足广大客户不同需求。


                                                                            


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